Korem 091/Aji Surya Natakesuma membawahi 9 satuan kewilayahan dan 1 satuan tempur yang tersebar di wilayah Kalimantan Timur dan di IKN Nusantara, yakni:
- Kodim 0901/Samarinda
- Kodim 0902/Berau
- Kodim 0904/Paser
- Kodim 0906/Tenggarong
- Kodim 0908/Bontang
- Kodim 0909/Kutai Timur
- Kodim 0912/Kutai Barat
- Kodim 0913/Penajam
- Kodim 0914/Mahakam Ulu
- Yonif Mekanis 611/Awang Long